image
images
5. ULUSLARARASI HAZAR BİLİMSEL ARAŞTIRMALAR VE İNOVASYON KONGRESİ
MULTİPL SKLEROZ İLE İLİŞKİLİ GENLERİN MOLEKÜLER YOLLARININ VE GEN ONTOLOJİSİNİN BELİRLENMESİ
Yazarlar:
Hayriye Senturk Ciftci
Yayın Yılı:
2024
Yayıncı:
İKSAD Yayınları
ISBN:
978-625-378-092-0
Özet:
Multiple Skleroz (MS hastalığı), merkezi sinir sisteminin kronik, inflamatuar demiyelinizan bir hastalığıdır. Günümüzde MS'in patolojik mekanizmaları tam olarak anlaşılmamıştır. Çalışmanın amacı, MS hastalığı ile ilişkili genlerin dahil olduğu moleküler yolları belirlemek ve gen ontolojisi (GO) analizi kullanarak bu genlerle ilişkili biyolojik süreçleri ve moleküler fonksiyonları ortaya çıkarmaktır. Çalışmada, farklı ifade analizi, gen zenginleştirme analizi ve gen ifadesi veri analizleri için biyoinformatik veri tabanları kullanıldı. MalaCards veritabanında MS ile ilişkili genler tespit edildi. Bu veritabanından elde edilen genler, STRING veritabanı üzerinden gen ontolojisi analizi için çalışmaya dahil edildi. Buna göre, bu genler arasındaki olası etkileşimler STRING üzerinden belirlendi ve ağ zenginleştirmesi yapıldı. Bu çalışmada, MS ilişkili olarak başta HLA-DRB1 (Score:733.83), HLADQB1 (Score:696.65), PDCD1 (Score:691.61), CYP27B1 (Score:419.15), NR1H3 (Nuclear Receptor Subfamily 1 Group H Member 3) (Score: 412.17), MicroRNA-326 (Score:364.08), IFNG-AS1 (Antisense RNA 1) (Score: 15.05) genleri tanımlandı. Gen ontolojisi zenginleştirme analizi ile önemli bir zenginleştirme, hümoral immün yanıt, miRNA aracılı transkripsiyon sonrası gen susturulması, dönüştürücü büyüme faktörü beta reseptör sinyal yolunun negatif düzenlenmesi dahil olmak üzere biyolojik süreçlerde yer alan genlerin bir alt kümesinde tespit edildi. CD3 ve TCR zeta zincirlerinin fosforilasyonu (Score:11.23), hücre farklılaşması sinyal yolu (score:11.15), DNA hasarı tepkisinde rol oynayan miRNA'lar kaskadları (score:10.75) olmak üzere MS ile ilişkili moleküler mekanizmalar KEGG yolları aracılığıyla belirlendi. Bu çalışma, entegre biyoenformatik analiz yöntemleri aracılığıyla ile MS patagenezinde etkili olabilecek genler ve yolakların ilişkisi tespit edilmiştir. Çalışma MS patogenezindeki ilişkili olabilecek genlerin daha fazla araştırma için önemli iç görüler sağlamaktadır.
Anahtar Kelime (AI):
Biyoinformatik analiz; multipl skleroz
yolak
gen.
5th INTERNATIONAL CONGRESS ON KHAZAR SCIENTIFIC RESEARCH AND INNOVATION
DETERMINATION OF MOLECULAR PATHWAYS AND GENE ONTOLOGY OF GENES ASSOCIATED WITH MULTIPLE SCLEROSIS
Yazarlar:
Hayriye Senturk Ciftci
Yayın Yılı:
2024
Yayıncı:
İKSAD Yayınları
ISBN:
978-625-378-092-0
Özet:
(AI):
Multiple Sclerosis (MS) is a chronic, inflammatory demyelinating disease of the central nervous system. Currently, the pathological mechanisms of MS are not fully understood. The aim of the study was to determine the molecular pathways involved in genes associated with MS disease and to reveal the biological processes and molecular functions associated with these genes using gene ontology (GO) analysis. In the study, bioinformatics databases were used for differential expression analysis, gene enrichment analysis and gene expression data analysis. MS-associated genes were identified in the MalaCards database. The genes obtained from this database were included in the study for gene ontology analysis via the STRING database. Accordingly, possible interactions between these genes were determined via STRING and network enrichment was performed. In this study, HLA-DRB1 (Score: 733.83), HLA-DQB1 (Score: 696.65), PDCD1 (Score: 691.61), CYP27B1 (Score: 419.15), NR1H3 (Nuclear Receptor Subfamily 1 Group H Member 3) (Score: 412.17), MicroRNA-326 (Score: 364.08), IFNG-AS1 (Antisense RNA 1) (Score: 15.05) genes were identified as associated with MS. A significant enrichment was detected in a subset of genes involved in biological processes including humoral immune response, miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing, and negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway by gene ontology enrichment analysis. The molecular mechanisms associated with MS, including phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains (Score: 11.23), cell differentiation signaling pathway (Score: 11.15), miRNA cascades involved in DNA damage response (Score: 10.75), were determined via KEGG pathways. This study identified genes and pathways that may be effective in MS pathogenesis through integrated bioinformatics analysis methods. The study provides important insights for further research on genes that may be related to MS pathogenesis.
Anahtar Kelime :
Bioinformatics analysis; multiple sclerosis
pathway
gene.