image
images
0.0
ALZHEİMER HASTALIĞI PATOGENEZİNDEKİ POTANSİYEL GENLERE BİYOİNFORMATİK YAKLAŞIM
Yazarlar:
Hayriye SENTURK CİFTCİ
Yayın Yılı:
2024
Yayıncı:
UBAK Yayınevi
Dil:
ISBN:
978-625-6181-81-6
Özet:
Amaç: Alzheimer hastalığı (AH), çoğunlukla yaşlı insanlarda beyin fonksiyonlarının yavaş ve ilerleyici kaybıyla ilişkili geri döndürülemez bir beyin rahatsızlığıdır. AH, kökenleri evrensel olarak kabul edilmemiş bir nörodejeneratif hastalıktır. Demans çoğunlukla AH gibi nörodejeneratif hastalıklardan kaynaklanır. AH, demansın en yaygın biçimidir. Hem genetik hem de çevresel faktörlerden kaynaklanır. Çalışmanın amacı, AH hastalığı ile ilişkili genlerin dahil olduğu moleküler yolları belirlemek ve gen ontolojisi (GO) analizi kullanarak bu genlerle ilişkili biyolojik süreçleri ve moleküler fonksiyonları ortaya çıkarmaktır. Yöntemler: Çalışmada, farklı ifade analizi, gen zenginleştirme analizi ve gen ifadesi veri analizleri için biyoinformatik veri tabanları kullanıldı. MalaCards veritabanında AH ile ilişkili genler tespit edildi. Bu veritabanından elde edilen genler, STRING veritabanı üzerinden gen ontolojisi analizi için çalışmaya dahil edildi. Buna göre, bu genler arasındaki olası etkileşimler STRING üzerinden belirlendi ve ağ zenginleştirmesi yapıldı. Sonuçlar: AH hastalığı ile ilişkili 795 gen tanımlandı. Bu çalışmada, MalaCards veritabanı kullanılarak elde edilen sonuçlarda en yaygın olarak, Demans (Score:319.26), Amyloidosis (Score:300.19) ve Early-Onset Autosomal Dominant Alzheimer Disease (Score:261.15) ile ilişkili bulunmuştur. MalaCards veritabanı kullanılarak AH ilişkili olarak başta Amyloid Beta Precursor Protein (Score:234.62), Presenilin 1 (Score:2,07.32), Apolipoprotein E (Score:173.13), NPC Intracellular Cholesterol Transporter 1 (Score:130.01), Microtubule Associated Protein Tau (Score: 119.52), Alpha Glucosidase (Score:116.96), Synuclein Alpha (Score: 100.56) genleri tanımlandı. Gen ontolojisi zenginleştirme analizi ile önemli bir zenginleştirme analizi ile Amyloid-beta binding (1.71e-08), Low-density Lipoprotein particle receptor binding (1.53e-06) ve peptide-binding (2.19e-07) gibi moleküler fonksiyonlarda yer aldığı bulundu. KEGG veritabanı kullanılarak AH ile ilişkili apolipoprotein E (ApoE)- kolesterol yolu, MAPK sinyal yolu, reaktif oksidasyon süreci ile ilişkili sinyal yolu, mTOR sinyal yolu, lipit yolu, insülin yolu ve inflamasyon sinyal yolları tespit edildi. Tartışma: Bu çalışma, entegre biyoinformatik analiz yöntemleri aracılı AH patogenezindeki ilişkili olabilecek genlerin daha fazla araştırma için önemli iç görüler sağlamaktadır.
Anahtar Kelime (AI):
Alzheimer hastalığı
biyoinformatik
hastalık patogenezi
INTERNATIONAL SCIENTIFIC RESEARCH AND INNOVATION CONGRESS -II
BIOINFORMATIC APPROACH TO POTENTIAL GENES IN ALZHEIMER'S DISEASE PATHOGENESIS
Yazarlar:
Hayriye SENTURK CİFTCİ
Yayın Yılı:
2024
Yayıncı:
UBAK Yayınevi
Dil:
ISBN:
978-625-6181-81-6
Özet:
(AI):
Objective: Alzheimer's disease (AD) is an irreversible brain disorder associated with a slow and progressive loss of brain functions, mostly in older people. AD is a neurodegenerative disease whose origins are not universally accepted. Dementia is mostly caused by neurodegenerative diseases such as AD. AD is the most common form of dementia. It is caused by both genetic and environmental factors.The aim of the study is to determine the molecular pathways in which genes associated with AD are involved and to reveal the biological processes and molecular functions associated with these genes using gene ontology (GO) analysis. Methods: In the study, bioinformatics databases were used for differential expression analysis, gene enrichment analysis, and gene expression data analysis. AD-associated genes were identified in the MalaCards database. The genes obtained from this database were included in the study for gene ontology analysis via the STRING database. Accordingly, possible interactions between these genes were determined via STRING and network enrichment was performed. Results: 795 genes associated with AD were identified. In this study, the results obtained using the MalaCards database were most commonly associated with Dementia (Score: 319.26), Amyloidosis (Score: 300.19) and Early-Onset Autosomal Dominant Alzheimer Disease (Score: 261.15). Using the MalaCards database, the following genes were identified as associated with AD: Amyloid Beta Precursor Protein (Score: 234.62), Presenilin 1 (Score: 2.07.32), Apolipoprotein E (Score: 173.13), NPC Intracellular Cholesterol Transporter 1 (Score: 130.01), Microtubule Associated Protein Tau (Score: 119.52), Alpha Glucosidase (Score: 116.96), Synuclein Alpha (Score: 100.56). With gene ontology enrichment analysis, it was found to be involved in molecular functions such as Amyloid-beta binding (1.71e-08), Low-density Lipoprotein particle receptor binding (1.53e-06) and peptide-binding (2.19e-07) with a significant enrichment analysis. Using KEGG database, AD-related apolipoprotein E (ApoE)-cholesterol pathway, MAPK signaling pathway, reactive oxidation process-related signaling pathway, mTOR signaling pathway, lipid pathway, insulin pathway and inflammation signaling pathways were identified. Discussion: This study provides important insights for further investigation of genes that may be related to AD pathogenesis through integrated bioinformatics analysis methods.
Anahtar Kelimeler:
(AI):
Alzheımer's Disease
bioinformatics
disease pathogenesis