image
images
0.0
CXCL11 GENİNİN HASTALIK PATOGENEZİNDEKİ POTANSİYEL ROLÜNE BİYOİNFORMATİK YAKLAŞIM
Yazarlar:
Hayriye SENTURK CİFTCİ
Yayın Yılı:
2024
Yayıncı:
UBAK Yayınevi
ISBN:
978-625-6181-81-6
Özet:
Amaç: Kemokin proteinlerinin, inflamasyon ve bağışıklıkta önemli rolleri vardır. Kemokinler, hücrelerde kemotaktik aktivite üreterek lökosit trafiğinde önemli bir rol oynarlar. C-X-C motif kemokin 11 (CXCL11), insanlarda CXCL11 geni tarafından kodlanan bir proteindir. CXCL11 gen ifadesi IFN-γ ve IFN-β tarafından güçlü bir şekilde, IFN-α tarafından ise zayıf bir şekilde indüklenir. Kemotaksi, lökosit kemotaksisinin pozitif düzenlenmesi, T hücresi kemotaksisi, kemokin aracılı sinyal yolu ve hücre-hücre sinyallemesi gibi biyolojik süreçlerde rolü vardır. CXCL11, transplantasyon, enfeksiyon ve kanser gibi farklı hastalık gruplarında etkileri bildirilmiştir. Çalışmamızda CXCL11'un çeşitli hastalıkların patogenezi üzerindeki potansiyel rolünü değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntemler: CXCL11 geninin diğer genlerle ilişkisini belirlemek için GENEMANIA veritabanı kullanıldı, hedef miRNAları göstermek için miRDB veritabanı, diğer genlerle ilişkisini anlamak için STRING, GenCard veritabanları ve hastalıklardaki rolünü göstermek için GWAS veri tabanı kullanıldı. Yolak ve protein etkileşimleri için UniProt/KEGG veritabanı kullanıldı. Sonuçlar: Genemania ve STRING veritabanları üzerinden yaptığımız incelemede CXCL11 geninin; CXCR3, CXCL9, CXCL10, CCL13, CCL20, PF4V1, PPBP gibi genlerle yakın ilişkili olduğu ve CXCL11’in Periferik kan lökositleri, pankreas ve karaciğerde yüksek düzeyde, timus, dalak ve akciğerde orta düzeyde, ince bağırsak, plasenta ve prostatta ise düşük düzeyde ekspresyon gözlenmiştir. MalaCards veritabanlarında yaptığımız incelemede CXCL11 geninin; Kolorektal kanser (Score=11.81), Dermatitis (Score=10.18), Küçük hücreli olmayan Akciğer Kanseri (Score=9.77), İnterstitial Akciğer Hastalığı (Score=9.61) ile hastalıklarda ilişkili görülmüştür. Uniprot veri tabanları ise CXCL11 geninin G1'den İnflamatuar cevaplar (FDR=0,00050), T hücre kemotaksisi (FDR= 0,00064), nötrofil kemotaksisi (FDR=0,00050), gibi biyolojik süreçlerde rol oynadığını göstermiştir. KEGG veri tabanı, CXCL11 geninin; Kemokin sinyal yolağı (FDR=1.26e-20), sitokin-sitokin reseptör etkileşimi (FDR=7.28e-19), Toll like reseptör sinyal yoloğı (FDR= 0,0019) gibi yolaklarda yer aldığını gösterdi.Tartışma: Biyoinformatik araçlar kullanılarak yapılan bu çalışma CXCL11’in hastalık patogenezinde önemli bir rol oynadığını gösteren bulgular sunmaktadır. Elde edilen bilgilerin CXCL11’in işlevini ve hastalıklardaki rolünü daha iyi anlamaya ve CXCL11’i hedef alan yeni tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine katkıda bulunacağı düşünülmektedir.
Anahtar Kelime (AI):
CXCL11
biyoinformatik
hastalık patogenezi
INTERNATIONAL SCIENTIFIC RESEARCH AND INNOVATION CONGRESS -II
A BIOINFORMATICS APPROACH TO THE POTENTIAL ROLE OF THE CXCL11 GENE IN DISEASE PATHOGENESIS
Yazarlar:
Hayriye SENTURK CİFTCİ
Yayın Yılı:
2024
Yayıncı:
UBAK Yayınevi
ISBN:
978-625-6181-81-6
Özet:
(AI):
Aim: Chemokine proteins have important roles in inflammation and immunity. Chemokines play an important role in leukocyte trafficking by producing chemotactic activity in cells. CX- C motif chemokine 11 (CXCL11) is a protein encoded by the CXCL11 gene in humans. CXCL11 gene expression is strongly induced by IFN-γ and IFN-β and weakly by IFN-α. It has a role in biological processes such as chemotaxis, positive regulation of leukocyte chemotaxis, T cell chemotaxis, chemokine-mediated signaling pathway and cell-cell signaling. CXCL11 has been reported to have effects in different disease groups such as transplantation, infection and cancer. Our study aimed to evaluate the potential role of CXCL11 in the pathogenesis of various diseases. Methods: GENEMANIA database was used to determine the relationship of CXCL11 gene with other genes, miRDB database was used to show target miRNAs, STRING, GenCard databases were used to understand its relationship with other genes and GWAS database was used to show its role in diseases. UniProt/KEGG database was used for pathway and protein interactions. Results: Our examination of Genemania and STRING databases showed that CXCL11 gene is closely related to genes such as CXCR3, CXCL9, CXCL10, CCL13, CCL20, PF4V1, PPBP and CXCL11 was highly expressed in peripheral blood leukocytes, pancreas and liver, moderately expressed in thymus, spleen and lung and low expressed in small intestine, placenta and prostate. Our examination of MalaCards databases revealed that CXCL11 gene; It has been associated with diseases such as Colorectal cancer (Score=11.81), Dermatitis (Score=10.18), Non-Small Cell Lung Cancer (Score=9.77), Interstitial Lung Disease (Score=9.61). Uniprot databases have shown that the CXCL11 gene plays a role in biological processes such as Inflammatory responses from G1 (FDR = 0.00050), T cell chemotaxis (FDR=0.00064), neutrophil chemotaxis (FDR=0.00050). KEGG database showed that the CXCL11 gene is involved in pathways such as Chemokine signaling pathway (FDR= 1.26e- 20), cytokine-cytokine receptor interaction (FDR=7.28e-19), Toll like receptor signaling pathway (FDR= 0.0019). Discussion: This study using bioinformatics tools provides findings showing that CXCL11 plays an important role in disease pathogenesis. It is thought that the information obtained will contribute to a better understanding of the function and role of CXCL11 in diseases and to the development of new treatment methods targeting CXCL11.
Anahtar Kelime :
CXCL11
bioinformatics
disease pathogenesis